El lloc de Botaya, apareix citat per primera vegada en un document del monestir de Santa Cruz de la Serós de l'any 1149, tot i que des de sempre va estar sota el domini de San Juan de la Peña, com a mínim fins l'any 1610, data del darrer document conservat que ens parla d'aquesta vinculació.

L'església parroquial té els seus orígens en època romànica, tot i que les importants modificacions realitzades en el el segle XVIII l'han transformat de tal manera que és difícil entreveure el seu passat medieval.

Per sort, es va conservar l'antiga portalada del temple, ara cegada. Es troba en el mur sud.

En ella podem veure un dels millors timpans esculpits de tot l'Aragó.

Està dividit en dos registres. En el superior veiem a un Pantocràtor dins la mandorla mística, envoltat pel Tetramorf i flanquejat per dos àngels.

En el registre inferior veiem als dotze apòstols al voltant d'un crismó trinitari.

En l'interior del temple es conserva un altre element romànic. Es tracta de la pica baptismal, col·locada sobre una basa àtica amb boles als extrems, a l'estil de les de la catedral de Jaca.  La basa sembla reaprofitada, aleshores la pregunta és, reaprofitada d'on? Si era la basa d'una columna o pilar, vol dir que el temple no tenia una nau, si no probablement tres. Una hipòtesi que requereix un estudi del subsòl per confirmar-la o no.

Al damunt de la pica baptismal trobem una llinda d'una finestra geminada, decorada amb un crismó.

Al davant del temple, trobem una gran casa noble, en la façana de la qual observem una bonica finestra geminada. Va ser concebuda originalment per a aquest edifici o prové de l'antic temple?